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Beckman流式细胞仪数据lmd格式转fcs格式

借助 R 语言包flowcore,将 Beckman 流式细胞仪数据从 lmd 格式转 fcs 格式,进而能被下游的工具读取。

单个文件转换

# install
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("flowCore")

# convert
library(flowCore)
x <- read.FCS(in.fname) #in.fname=xxx.lmd
write.FCS(x,out.fname) #in.fname=xxx.fcs

批量 lmd 转化为 fcs

library(flowCore)
library(tools)

files <- list.files("./")

lmd2fcs <- function(fi){
    x <- read.FCS(fi)
    write.FCS(x,paste0(file_path_sans_ext(fi),".fcs"))
    }

lapply(files, lmd2fcs)

lmd2csv <- function(fi){
    x <- read.FCS(fi)
    write.csv(summary(x),file=paste0(file_path_sans_ext(fi),".summary.csv"))
    }

lapply(files, lmd2csv)

Last modified on 2020-01-30